FLASH INFORMATIQUE FI

Numéro spécial HPC


Diagnostic cardiovasculaire basée sur des simulations massivement parallèles.




Simone MELCHIONNA

Efthimios KAXIRAS

Massimo BERNASCHI

Sauro SUCCI


Nous esquissons une méthode de calcul pour le diagnostic cardiovasculaire basée sur des simulations massivement parallèles. Les calculs s’exécutent sur une architecture de type IBM Blue Gene et sur des GPU. Notre approche est basée sur la combinaison de la MD (Dynamique Moléculaire) microscopique avec une méthode de Lattice-Boltzmann hydro-cinétique (LB) et prend en compte les interactions hydrodynamiques entre les corps suspendus et le fluide les entourant. Le résultat final est un code multi-physique et multi-échelle appelé MUPHY. Ce logiciel a une scalabilité excellente sur le Blue Gene/L et sur les multi-GPU. En développant une série d’optimisations ad-hoc, MUPHY se démontre extrêmement efficace dans la simulation des domaines irréguliers, comme ceux utilisés lors de simulations des flux sanguins dans des artères coronaires étendues, avec en plus la capacité d’accéder à l’information physique à l’échelle micrométrique.




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